Grâce notamment aux encouragements, remarques et suggestions de nombreux utilisateurs, j’ai pu "finaliser" AmplifX à un point qui mérite (j’espère) d’avoir comme numéro de version : 1.00.

(N’hésitez pas à continuez quand même à envoyer vos remarques pour m’aider à corriger tout ce qui reste à l’être)

Je tiens donc à remercier toutes les personnes suivantes pour leur soutien et leur aide : Andrea Cabibbo, Christophe Hennequin, Corentin Cras-Méneur, Denis Becquet, Immo Junghärtchen, Jean-Louis Franc, Jean-Paul Boissel, Jean-Paul Herman, Markus Winter, Patrick Trieu-Cuot, Todd Geders

nouveautés de la version 1.00
  Nouveau calcul de qualité prenant en compte le TM (bases stacking method) , le %GC la présence de polyX et la présence de dimères.
  Nouvelle fenêtre tiroir contenant des détails sur la qualité du primer et un champ “observations” afin d’associer tout type de donnée texte à chaque amorce.
  Les différents accrochage d’une même amorce à plusieurs endroits sur la séquence cible sont maintenant facilement visualisé par le changement simultané de leur couleur lorsque la souris les survole.
  Prise en compte des “U” (ou u) dans les targets et oligos -> automatiquement transformés en T (ou t)
  Correction pour l’importation de fichiers textes d’amorces créés avec textEdit par exemple (caractère de fin de ligne non conventionnel pour Mac)
  Traduction de phrases en français “contaminantes” dans la version anglaise (merci à Todd Geders pour les avoir relevé et proposé une traduction)
  Nouvelle table pour le calcul du score d’annealing des oligos : permet de mieux équilibrer la mise en évidence des oligos annealant faiblement et ceux qui sont sur.
  Nouveau dessin plus lisible des match sous deux formes match fort (score >170) et match faible idem pour les amplifications
  L’amorce ou le fragment amplifié dont on visualise les infos est dans une couleur spéciale (ce qui permet de se rappeler lequel on visualise !)
  Possibilité de ne montrer les matchs faibles que si l’oligo accroche déjà la séquence avec un match fort ou bien de façon systématique
  Les colonnes “Longueur” et “Qualité” de la liste d’amorces sont triables par grandeur numérique, les autres colonnes restent triables par ordre alphanumérique (Pensez à utiliser dans le champ ID des entrées du type Pr0001, Pr0002,... par exemple).
  Menu “ouvrir une séquence” fonctionne : reconnaissance des fichiers au format texte : GenBank, EMBL, FastA, GCG. Les autres formats textes étant considéré comme du format “brut” = importation de tous les caractères ATCGU trouvés.
  Amélioration de la possibilité de dessiner les amorces directement dans AmplifX avec un calcul en direct de la sélection faite dans le champ “Target” considéré comme amorce (TM et note globale de qualité)
  Le menu « Tout sélectionner » fonctionne aussi avec le champ « informations »
  Ascenseur horizontal pour déplacer la zone visible lors d’un agrandissement de la représentation graphique
  Menu « Majuscules » et « Minuscules » pour modifier le style des sélections courantes du champ « Target »

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