AmplifX 1.1

lundi 7 février 2005.

Une fois de plus merci à Patrick Trieu-Cuot pour ses suggestions et encouragements.

Nouveautés majeures :
-  Nouvelle fonction de design de primers : AmplifX cherche des paires de primers avec aucun ou l’un ou l’autre des deux primers fixés. (Algorithme en cours d’amélioration, retour d’expérience bienvenu)
-  Impression et exportation de la représentation graphique.
-  Ouverture des fichiers séquence cible au format DNA Strider (dont une nouvelle version pour Mac OS X est disponible)
-  Nouvelle information sur la séquence amplifiée : ajout d’une température suggérée d’hybridation pour la PCR. (D’après Rychlik.W et al in NAR (1990), vol 18 pp 6409-6412)
-  Possibilité de rechercher des motifs dans la séquence cible (accès par les menus déjà existants employés jusqu’alors pour la recherche dans la liste d’amorces )
-  Utilisation de texte stylé pour la séquence amplifiée copiée : permet de repérer facilement les primers, lorsque la séquence est collée dans une application qui supporte les styles

Corrections et améliorations :
-  Adéquation de l’utilisation de la relation " Supérieur ou égal au cut off " pour le dessin et pour la recherche de matches.
-  L’utilisation des flèches droites et gauches, et de la touche de suppression fonctionnent dans les champ de saisie des préférences.
-  Correction d’une erreur lors de l’importation de fichiers au format GeneBank.
-  Correction de l’affichage des informations de la sélection courante de la séquence cible lors de l’utilisation des menu "Tout sélectionner", " Minuscules ", " Majuscules" et lors de la désélection
-  Maintien du statut minuscules/majuscule sur les brins complémentaires.
-  Utilisation de texte stylé pour la séquence amplifiée copiée : permet de repérer facilement les primers, lorsque collé dans une application qui le supporte.
-  Correction de la non mise à jour du bouton « par défaut » lors d’un "Enregistrer sous".
-  Lorsque l’on affiche la fenêtre de recherche, le focus est mis au champ de recherche.
-  Le bouton de recherche a un comportement de bouton par défaut (touche entrée = clic)
-  Correction d’un bug lié à la liste des fichiers récents conservé dans le fichier préférence et qui pouvait entraîner dans certaines circonstances un plantage au démarrage d’AmplifX dont la seule solution était jusqu’alors de détruire le fichier de préférences.
-  Correction d’un bug lors du recalcul automatique des qualités de primers de la liste par défaut au démarrage d’AmplifX
-  Correction du placement du primer 3’ sur la carte ( corrige la taille apparente des petits fragments pour lesquels la taille du primer est non négligeable)

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